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作者

单娇娇 赵杰 刘珊 王新凤

作者单位

¹山东中医药大学附属医院 ²山东第一医科大学第三附属医院

刊名

药物评价研究

年份

2023

卷号

第46卷

期号

第9期

页码

1863-1871

ISSN

1674-6376

关键词

生物信息学 铁死亡 胆管癌 分子机制 药物靶点 氯可托龙戊酸酯

分类号

R91

摘要

目的 通过生物信息学方法研究与铁死亡相关的治疗胆管癌潜在作用机制，高通量筛选通过铁死亡途径治疗胆管癌疾病的潜在小分子药物。方法 在GEO在线数据库中检索与胆管癌相关的数据集，使用TCGA数据库获得胆管癌相关样本及正常样本的数据，将上述筛选得到的数据集矩阵进行规范化数据整理，通过Sanger平台对数据集中的靶点基因进行limma差异分析，通过FerrDb铁死亡相关分析数据库收集与铁死亡相关的靶点，将收集得到的铁死亡相关靶点与差异分析得到的胆管癌相关疾病靶点取交集后，得到共同靶点，将上述共同靶点导入STRING数据库，得到与铁死亡相关的胆管癌疾病靶点间的蛋白质相互作用网络分析，筛选核心靶点，分别使用DAVID v6.8与Funrich富集分析软件对上述潜在作用靶点进行生物学功能与信号通路的富集分析，并利用cMAP数据库高通量筛选通过铁死亡途径治疗胆管癌疾病的潜在小分子药物，将小分子化合物与靶蛋白进行分子对接分析，通过TIMER数据库分析铁死亡与胆管癌疾病共同靶点各自间表达水平与免疫细胞浸润水平或免疫检查点表达水平的相关性。结果 筛选得到3 133个胆管癌相关靶点，铁死亡相关靶点487个，取...更多

目的 通过生物信息学方法研究与铁死亡相关的治疗胆管癌潜在作用机制，高通量筛选通过铁死亡途径治疗胆管癌疾病的潜在小分子药物。方法 在GEO在线数据库中检索与胆管癌相关的数据集，使用TCGA数据库获得胆管癌相关样本及正常样本的数据，将上述筛选得到的数据集矩阵进行规范化数据整理，通过Sanger平台对数据集中的靶点基因进行limma差异分析，通过FerrDb铁死亡相关分析数据库收集与铁死亡相关的靶点，将收集得到的铁死亡相关靶点与差异分析得到的胆管癌相关疾病靶点取交集后，得到共同靶点，将上述共同靶点导入STRING数据库，得到与铁死亡相关的胆管癌疾病靶点间的蛋白质相互作用网络分析，筛选核心靶点，分别使用DAVID v6.8与Funrich富集分析软件对上述潜在作用靶点进行生物学功能与信号通路的富集分析，并利用cMAP数据库高通量筛选通过铁死亡途径治疗胆管癌疾病的潜在小分子药物，将小分子化合物与靶蛋白进行分子对接分析，通过TIMER数据库分析铁死亡与胆管癌疾病共同靶点各自间表达水平与免疫细胞浸润水平或免疫检查点表达水平的相关性。结果 筛选得到3 133个胆管癌相关靶点，铁死亡相关靶点487个，取交集处理共得到93个铁死亡与胆管癌疾病相关的共同靶点，共同靶点的基因本体功能富集分析结果提示铁死亡途径对胆管癌治疗方面可能与转录调控相关过程、凋亡与细胞增殖等密切相关，京都基因与基因组百科全书信号通路富集分析结果表明铁死亡途径对胆管癌治疗方面可能与TRAJL分子信号通路、表皮生长因子受体相关信号通路、鞘氨醇-1-磷酸受体-1分子信号通路、胰岛素相关信号通路等过程密切相关，通过筛选得到3个小分子化合物，分子对接结果表明氯可托龙戊酸酯与其他2种成分相比，对上述3个潜在核心共同作用靶点的结合普遍较其余小分子成分强，从而提示其有望通过铁死亡途径治疗胆管癌相关疾病。结论 以铁死亡途径作为切入点，通过生物信息学方法探寻治疗胆管癌的分子作用机制及蛋白靶点，从而筛选得到潜在的治疗药物，具有重要意义。收起

学科

【教育部学科】医学

文献类型

期刊

浏览量

26