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作者

张虎 黄欣 李妍 韩毅 李羚

作者单位

山东第一医科大学第一附属医院<山东省千佛山医院>临床药学山东省儿童药物临床评价与研发工程技术研究中心山东省医药卫生临床药学重点实验室

刊名

药学研究

年份

2023

卷号

第42卷

期号

第9期

页码

654-660

ISSN

2095-5375

关键词

肺癌 差异表达基因 生物信息学 CMap数据库

分类号

R734.2;Q811.4

摘要

目的 基于生物信息学和关联性图谱数据库筛选肺癌相关基因及其潜在的治疗药物，为肺癌的治疗提供新思路。方法 从基因表达数据库中选择GSE89039、GSE118370和GSE136043,采用R软件筛选差异表达基因,将DEGs进行GO和KEGG富集分析，并构建蛋白质-蛋白质相互作用网络；使用基因表达谱交互分析验证枢纽基因的表达以及预后价值；采用CMap数据库筛选具有肺癌治疗作用的潜在候选药物。结果 我们共确定了530个DEGs,包括150个上调基因和380个下调基因。这些DEGs主要富集在细胞外基质-受体相互作用、细胞黏附等方面。PPI网络由527个节点，1 298条连接线组成，前十个枢纽基因分别为SDC1、CDH5、FGF2、PECAM1、IL6、CAV1、MMP9、SPP1、VWF、PPARG。通过GEPIA分析这些枢纽基因相关的总生存期,结果显示SPP1对OS具有显著影响。使用CMap数据库筛选出的对肺癌具有潜在治疗作用的FDA批准上市的候选药物，包括腺苷脱氨酶抑制剂、核糖苷还原酶抑制剂、抗病毒药、拓扑异构酶抑制剂、RNA聚合酶抑制剂、抗代谢药物。结论 借助生物信息学和CMap数据库...更多

目的 基于生物信息学和关联性图谱数据库筛选肺癌相关基因及其潜在的治疗药物，为肺癌的治疗提供新思路。方法 从基因表达数据库中选择GSE89039、GSE118370和GSE136043,采用R软件筛选差异表达基因,将DEGs进行GO和KEGG富集分析，并构建蛋白质-蛋白质相互作用网络；使用基因表达谱交互分析验证枢纽基因的表达以及预后价值；采用CMap数据库筛选具有肺癌治疗作用的潜在候选药物。结果 我们共确定了530个DEGs,包括150个上调基因和380个下调基因。这些DEGs主要富集在细胞外基质-受体相互作用、细胞黏附等方面。PPI网络由527个节点，1 298条连接线组成，前十个枢纽基因分别为SDC1、CDH5、FGF2、PECAM1、IL6、CAV1、MMP9、SPP1、VWF、PPARG。通过GEPIA分析这些枢纽基因相关的总生存期,结果显示SPP1对OS具有显著影响。使用CMap数据库筛选出的对肺癌具有潜在治疗作用的FDA批准上市的候选药物，包括腺苷脱氨酶抑制剂、核糖苷还原酶抑制剂、抗病毒药、拓扑异构酶抑制剂、RNA聚合酶抑制剂、抗代谢药物。结论 借助生物信息学和CMap数据库挖掘发现克拉屈滨等药物对肺癌具有潜在的治疗作用。本研究为寻找肺癌的治疗方案提供了新的思路，具有重要的临床意义。收起

基金

国家自然科学基金;山东省自然科学基金

文献类型

期刊

浏览量

17