获取途径

作者

高仁杰 崔瑞亭 颜凯

作者单位

¹山东第一医科大学(山东省医学科学院)泰安市中心医院 ²山东省泗水县人民医院内科

刊名

南开大学学报(自然科学版)

年份

2023

卷号

第56卷

期号

第4期

页码

16-24

关键词

熊果酸 脑胶质母细胞瘤 网络药理学 分子对接 体外实验 机制

分类号

R285

摘要

基于网络药理学、分子对接和体外实验探讨熊果酸治疗脑胶质母细胞瘤的作用机制.通过TCMSP、SwissTargetPrediction和SuperPred数据库获取熊果酸活性作用靶点,同时采用GeneCards、DisGeNET、TTD和PharmGkb数据库结合两个GEO基因芯片库获取GBM疾病靶点,应用Cytoscape软件,筛选UA治疗GBM的核心靶点.通过GEPIA数据库分析核心靶点在GBM患者组织与正常组织中mRNA表达水平是否有显著差异.并采用David数据对潜在靶点进行基因本体功能及京都基因与基因组百科全书通路富集分析.使用Autodock Vina和Pymol实现UA与重要的核心靶点分子对接.最后通过体外实验进一步验证了UA的抗肿瘤活性.结果表明,筛选出92个UA对应的靶点,获得7 433个GBM靶点,合并后获得72个潜在靶点.PPI网络和拓扑分析结果表明,CCND1、EGFR、FOS、CASP3、HSP90AA1、IL6、CTNNB1、INS、RELA、VEGFA等10个核心靶标为核心靶点.GEPIA数据库分析显示,GBM组织中CASP3、CCND1、EGFR、FOS、...更多

基于网络药理学、分子对接和体外实验探讨熊果酸治疗脑胶质母细胞瘤的作用机制.通过TCMSP、SwissTargetPrediction和SuperPred数据库获取熊果酸活性作用靶点,同时采用GeneCards、DisGeNET、TTD和PharmGkb数据库结合两个GEO基因芯片库获取GBM疾病靶点,应用Cytoscape软件,筛选UA治疗GBM的核心靶点.通过GEPIA数据库分析核心靶点在GBM患者组织与正常组织中mRNA表达水平是否有显著差异.并采用David数据对潜在靶点进行基因本体功能及京都基因与基因组百科全书通路富集分析.使用Autodock Vina和Pymol实现UA与重要的核心靶点分子对接.最后通过体外实验进一步验证了UA的抗肿瘤活性.结果表明,筛选出92个UA对应的靶点,获得7 433个GBM靶点,合并后获得72个潜在靶点.PPI网络和拓扑分析结果表明,CCND1、EGFR、FOS、CASP3、HSP90AA1、IL6、CTNNB1、INS、RELA、VEGFA等10个核心靶标为核心靶点.GEPIA数据库分析显示,GBM组织中CASP3、CCND1、EGFR、FOS、IL-6和VEGFR mRNA的表达显著高于正常组织.GO富集分析发现,UA治疗GBM与细胞对化学应激的反应、膜筏、半胱氨酸型内肽酶活性等密切相关.KEGG通路分析表明,它涉及细胞凋亡、TNF信号通路、PI3K-Akt信号通路等.体外实验结果表明,UA可抑制U251细胞的增殖,IC50值为26.66μmol/L.RT-qPCR和WB的结果表明,UA可以调节U251细胞中CASP3和CCND1 mRNA及蛋白的表达,UA可促进U251细胞CASP3 mRNA和蛋白的过表达,并抑制CCND1 mRNA和蛋白表达.总之, UA可以通过多种靶点和途径治疗胶质母细胞瘤.收起

文献类型

期刊

浏览量

48