获取途径

作者

王玉涛 赵莉

作者单位

济南市中医医院周围血管病科 山东第一医科大学第一附属医院检验科

刊名

血管与腔内血管外科杂志

年份

2023

卷号

第9期

ISSN

2096-0646

关键词

腹主动脉瘤 单细胞转录组 生物信息学

摘要

目的 利用单细胞转录组生物信息技术挖掘腹主动脉瘤发病的潜在机制。方法 从高通量基因表达数据库中下载AAA样本的单细胞转录组数据集基因表达序列166676作为研究对象，利用R语言的Seurat数据包对数据进行过滤和标准化，将具有相似特征基因的细胞进行聚类和注释，筛选与AAA形成相关的细胞亚群，提取差异表达基因，构建蛋白-蛋白相互作用网络挖掘潜在核心基因，对差异表达基因进行富集分析，挖掘AAA发病的潜在信号通路。结果 过滤获得AAA样本细胞7432个，正常腹主动脉样本细胞4875个。12 307个细胞聚类成18个亚群，腹主动脉瘤样本中T细胞和B细胞占比高。筛选获得T细胞和B细胞相关的差异表达上调基因120个，差异表达下调基因200个。C型蛋白酪氨酸磷酸酶受体、T细胞受体复合物CD3δ亚基、B细胞抗原受体复合物相关蛋白β链、T细胞受体复合物的CD3 ε亚基、T细胞表面糖蛋白CD3 ζ链、甘油醛-3-磷酸脱氢酶、纤维连接蛋白1、组织蛋白酶D、膜连蛋白A5、半胱蛋白酶B均是AAA发病的潜在核心基因。差异表达基因显著富集于辅助性T细胞1和Th2细胞分化、Th17细胞分化、细胞黏附分子、细胞凋亡、流...更多

目的 利用单细胞转录组生物信息技术挖掘腹主动脉瘤发病的潜在机制。方法 从高通量基因表达数据库中下载AAA样本的单细胞转录组数据集基因表达序列166676作为研究对象，利用R语言的Seurat数据包对数据进行过滤和标准化，将具有相似特征基因的细胞进行聚类和注释，筛选与AAA形成相关的细胞亚群，提取差异表达基因，构建蛋白-蛋白相互作用网络挖掘潜在核心基因，对差异表达基因进行富集分析，挖掘AAA发病的潜在信号通路。结果 过滤获得AAA样本细胞7432个，正常腹主动脉样本细胞4875个。12 307个细胞聚类成18个亚群，腹主动脉瘤样本中T细胞和B细胞占比高。筛选获得T细胞和B细胞相关的差异表达上调基因120个，差异表达下调基因200个。C型蛋白酪氨酸磷酸酶受体、T细胞受体复合物CD3δ亚基、B细胞抗原受体复合物相关蛋白β链、T细胞受体复合物的CD3 ε亚基、T细胞表面糖蛋白CD3 ζ链、甘油醛-3-磷酸脱氢酶、纤维连接蛋白1、组织蛋白酶D、膜连蛋白A5、半胱蛋白酶B均是AAA发病的潜在核心基因。差异表达基因显著富集于辅助性T细胞1和Th2细胞分化、Th17细胞分化、细胞黏附分子、细胞凋亡、流体剪切应力和动脉粥样硬化、白细胞介素-17信号通路、雌激素信号通路等。结论 AAA与正常腹主动脉细胞分布存在较大差异，T细胞、B细胞与AAA形成密切相关，是预防和治疗AAA的潜在靶细胞。收起

基金

山东省医药卫生科技发展计划项目

文献类型

期刊

浏览量

14