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作者

梁尹攀 邵俊杰 张蕾 管衍娇 伊淑莹

作者单位

山东第一医科大学(山东省医学科学院)临床与基础医学院(基础医学研究所)

刊名

山东第一医科大学(山东省医学科学院)学报

年份

2024

卷号

第12期

ISSN

2097-0005

关键词

肺转移瘤 巨噬细胞亚群 生物信息学 差异表达基因

摘要

目的 探究巨噬细胞亚群在肺转移瘤中的作用及机制，寻找小鼠肺转移瘤中肺泡巨噬细胞与肺间质巨噬细胞表达的差异基因及信号通路。方法 从基因表达数据库中获得小鼠黑色素瘤肺转移单细胞转录组测序数据GSM5235892。通过生物信息学分析技术，筛选AMs与IMs潜在的差异表达基因并进行基因本体论富集分析、京都基因与基因百科全书通路分析、蛋白质相互作用分析及筛选前10位枢纽基因。最后通过qPCR检测核心基因在小鼠黑色素瘤肺转移模型AMs与IMs中的表达水平。结果 共鉴定出1 975个AMs与IMs 的DEGs，其中1 511个上调基因，464个下调基因。GO富集分析和KEGG通路分析结果发现，DEGs主要涉及免疫反应、肿瘤细胞免疫调控、神经元突触免疫突触、生长因子受体活性等；涉及的信号通路为MAPK、NF-κB、TNF-α等信号通路。PPI分析筛选前10位的枢纽基因与细胞氧化磷酸化有关，包括Ndufa8、Cox6b1、Uqcr11、Cox5a、Ndufs6、Ndufs5、Uqcr10、Uqcrq、Ndufb6、Ndufab1；通过qPCR检测发现，枢纽基因Uqcr11、Ndufa5在肺转移瘤AMs中...更多

目的 探究巨噬细胞亚群在肺转移瘤中的作用及机制，寻找小鼠肺转移瘤中肺泡巨噬细胞与肺间质巨噬细胞表达的差异基因及信号通路。方法 从基因表达数据库中获得小鼠黑色素瘤肺转移单细胞转录组测序数据GSM5235892。通过生物信息学分析技术，筛选AMs与IMs潜在的差异表达基因并进行基因本体论富集分析、京都基因与基因百科全书通路分析、蛋白质相互作用分析及筛选前10位枢纽基因。最后通过qPCR检测核心基因在小鼠黑色素瘤肺转移模型AMs与IMs中的表达水平。结果 共鉴定出1 975个AMs与IMs 的DEGs，其中1 511个上调基因，464个下调基因。GO富集分析和KEGG通路分析结果发现，DEGs主要涉及免疫反应、肿瘤细胞免疫调控、神经元突触免疫突触、生长因子受体活性等；涉及的信号通路为MAPK、NF-κB、TNF-α等信号通路。PPI分析筛选前10位的枢纽基因与细胞氧化磷酸化有关，包括Ndufa8、Cox6b1、Uqcr11、Cox5a、Ndufs6、Ndufs5、Uqcr10、Uqcrq、Ndufb6、Ndufab1；通过qPCR检测发现，枢纽基因Uqcr11、Ndufa5在肺转移瘤AMs中表达高于IMs，与生物信息分析结果一致。结论 通过scRNAseq数据生物信息学分析筛选得到的黑色素瘤肺转移小鼠AMs和IMs表达的枢纽基因和信号通路，可为黑色素瘤肺转移发病机制的研究提供参考。收起

基金

国家自然科学基金

文献类型

期刊

浏览量

5