获取途径

作者

姚雪 谢彬 韦庆娟 王敏 宗帅 胡弢 高蕾 邢薇佳 王建醒 李娟

作者单位

⁴济南市儿童医院 ²山东第一医科大学(山东省医学科学院)临床与基础医学院(基础医学研究所)病原生物学系 ¹山东第一医科大学(山东省医学科学院)山东省高等学校新发传染病病因流行病学实验室 ⁷山东省疾病预防控制中心 ⁵山东第一医科大学(山东省医学科学院)公共卫生与健康管理学院 ⁶山东第一医科大学(山东省医学科学院)生命科学学院 ³泰安市妇幼保健院 ⁸山东第一医科大学附属山东省立医院

刊名

病毒学报

年份

2023

卷号

第39卷

期号

第1期

页码

75-86

ISSN

1000-8721

关键词

柯萨奇病毒 密码子使用分析 中性进化 突变压力

分类号

R373.23

摘要

近年来，引起手足口病的多种柯萨奇病毒逐渐引起人们的关注。为探索柯萨奇病毒进化和变异的潜在机制，本文以柯萨奇A2、A4、A6、A10、A12五种型别病毒的全基因组RNA为研究对象，针对编码结构蛋白的P1区和编码非结构蛋白的P2-P3区基因，分别计算五种型别柯萨奇病毒的核苷酸和氨基酸遗传距离、相对同义密码子使用度、有效密码子数，并进行中性进化分析以及对应分析。结果表明，五种型别柯萨奇病毒的密码子使用均存在多样性，偏倚较弱；与G/C相比，它们的密码子第三位更偏向于使用A/U。ENC-plot分析表明，五种型别柯萨奇病毒P1区受到的突变压力作用均强于P2-P3区。然而，中性进化和对应分析的结果提示，突变压力对这些病毒密码子偏倚的形成仅起着较小的作用，而自然选择在病毒的进化过程中起着更重要的作用。本研究基于密码子水平的生物信息学分析，评估了突变压力和自然选择在柯萨奇A2、A4、A6、A10、A12这五种型别病毒进化中的作用，为深入了解柯萨奇病毒的遗传进化机制提供了理论依据。

基金

国家自然科学基金;山东省自然科学基金

学科

【教育部学科】医学

文献类型

期刊

浏览量

50